Một phần quan trọng trong định nghĩa một viện đại học là khái niệm tự do học thuật. Bằng chứng đầu tiên được ghi nhận về quyền tự do học thuật xuất hiện từ thời kỳ đầu của viện đại học đầu tiên - Viện Đại học Bologna. Viện đại học này thông qua một hiến chương gọi là Constitutio Habita,[7] vào năm 1158 hoặc 1155,[8] theo đó bảo đảm quyền đi lại tự do của các học giả vì lợi ích giáo dục. Việc này được xem như là nguồn gốc của tự do học thuật.[9] Ngày này, tự do học thuật được định nghĩa là quyền tự do giảng dạy, học tập, và theo đuổi tri thức và nghiên cứu của giảng viên và sinh viên mà không bị can thiệp một cách vô lý hay bị luật pháp nhà nước, quy định của cơ sở giáo dục, hay áp lực của công chúng giới hạn.[10] Quyền tự do học thuật được thừa nhận rộng rãi trên khắp thế giới. Ngày 18 tháng 9 năm 1988, 388 viện trưởng các viện đại học ký vào Magna Charta Universitatum, một tuyên bố xác lập những quyền và những giá trị căn bản của viện đại học, nhân kỷ niệm 900 năm ngày thành lập Viện Đại học Bologna. Số viện đại học từ khắp nơi trên thế giới ký tên vào Magna Charta Universitatum ngày càng nhiều.[11]